Краткая инструкция для пользователей
Вход в систему
В результате регистрации пользователи получают идентификационное имя (login) и временный пароль, который после первого соединения с системой должен быть заменен на постоянный (рекомендуется менять пароли не реже одного раза в месяц). Изменение пароля выполняется командой:
passwd
Доступ к UNIX системам
Доступ к высокопроизводительным системам разрешен со всех компьютеров внутренней сети ЮФУ с помощью команд соединения с удаленной системой (ssh, ftp). Для компьютеров, находяшихся за пределами университетской сети, необходима специальная регистрация этих компьютеров, и соединение разрешено только по защищенным протоколам. При использовании в качестве рабочих мест персональных компьютеров с операционной системой Windows на них должны быть установлены соответствующие клиентские программы (ssh, ftp). Такие клиентские программы имеются в стандартном программном обеспечении Windows, однако они, как правило, не очень удобны в работе. В качестве терминальной программы мы рекомендуем использовать Putty. Это очень простая и надежная программа, не требующая инсталляции - достаточно поместить ее в какой-либо каталог и создать для нее иконку на desktop'e. Для пересылки файлов можно использовать Windows Commander. При передаче текстовых файлов в текстовом режиме это приложение производит необходимое преобразование из DOS формата в UNIX формат и наоборот. Если приложение, которое вы используете, такого преобразования не выполняет, то на управляющем компьютере можно использовать команды dos2unix и unix2dos.
Дисковое пространство
В процессе регистрации для пользователей создается так называемая домашняя директория, в которую записываются стартовые конфигурационные файлы .bashrc, .login и .cshrc. Эти конфигурационные файлы написаны таким образом, чтобы обеспечить правильный старт и настройку переменных окружения при подключении пользователя. Поэтому модификация их должна выполняться достаточно осторожно. Прототипы этих файлов находятся в системном каталоге /etc/skel, из которого они могут быть скопированы в случае необходимости. Только в пределах своей домашней директории пользователи могут создавать свои каталоги и файлы. Объем использованного дискового пространства контролируется системой квотирования и не может превышать установленного для пользователя лимита. В случае превышения квоты новые файлы не будут создаваться, а программы, которые будут пытаться это сделать, будут сниматься со счета.
Физически домашняя директория пользователя находится на управляющем сервере (rsufs) в каталоге /export/home/$USER, откуда она экспортируется на все компьютеры всех кластеров. Это позволяет работать с любой из этих систем без пересылки файлов.
Для эффективного использования дискового пространства рекомендуется использовать механизм архивирования и сжатия архивов. Информация, которая не будет интенсивно использоваться в ближайшее время, может быть собрана в отдельную директорию и упакована командой:
tar cvzf dir.tar.gz dir
где dir - имя упаковываемой директории. В результате выполнения команды будет создан файл dir.tar.gz, после чего каталог dir может быть удален. При этом, в зависимости от характера данных, объем может быть уменьшен в 2-8 раз. Это тем более оправдано и удобно, поскольку файловый менеджер Midnigth Commannder (mc) позволяет напрямую работать с этими архивами как с директориями. Для распаковки архива следует использовать команду:
tar xvzf dir.tar.gz
После исполнения этой команды каталог dir будет восстановлен. Архивный файл при этом не уничтожается.
Информация о физическом расположении каталогов пользователей приведена для наиболее оптимальной организации работы с ними. Очевидно, что все манипуляции с файлами (пересылка по ftp, редактирование, удаление, архивирование и т.д.) наиболее разумно выполнять на тех компьютерах, где они реально находятся.
На этих же компьютерах следует выполнять контроль занятого дискового пространства и текущего значения квот на дисковое простанство и на количество файлов, которые могут быть созданы пользователем. Выполняется это командой:
quota -v
Числа, относящиеся к дисковому пространству, выдаются в килобайтах. Можно получить более детальную информацию о том, какие директории сколько занимают дискового пространства с помощью команды:
dus
Команда может быть набрана в любом каталоге и выдаст информацию по всем директориям, находящимся в текущем каталоге.
Подробное описание процесса работы и запуска задач на кластерах можно найти здесь:
Система управления заданиями на вычислительных кластерах
Операционная среда высокопроизводительных вычислительных систем
Информационные команды
Для получения информации о текущем состоянии вычислительных узлов и очередей заданий имеется ряд команд. Приведем некоторые из них.
# Команда pestat - команда из пакета PBS, показывает состояние вычислительных узлов.
# Команда qstat -a - команда из пакета PBS, показывает очередь заданий в порядке их поступления.
# Команда qstat -ak - показывает очередь заданий, отсортированную по архитектурам узлов.
# Команда qstat -q - показывает интегральную информацию по очередям.
# Команда clcpu - показывает состояние вычислительных узлов (число подключенных к системе пользователей, загрузку системы за последние 1 мин. и 5 мин.; если на узле имеются счетные процессы, то для каждого из них показывается собственник процесса, процент использования CPU, процент использования оперативной памяти, время выполнения задания и имя программы). Команда может быть запущена только на rsufs, а для мониторинга состояния других узлов (кроме кластеров) на них должен в корневом каталоге пользователя существовать файл .rhosts, разрешающий запуск команд с rsufs. Содержимое этого файла должно иметь вид:
rsufs username.
# Команда clfree - показывает количество свободных вычислительных узлов на каждом из кластеров.
Средства разработки программ
Средства разработки программ включают в себя компиляторы для различных языков (и интерпретаторы), отладчики, библиотеки подпрограмм, средства разработки параллельных программ и т.д. Мы стремимся в максимальной степени обеспечить унифицированность прикладного программного обеспечения на всех архитектурах для обеспечения совместимости программ по крайней мере на уровне исходных текстов. Тем не менее, дать общее описание средств разработки для всех архитектур вряд ли возможно. Это связано с тем, что, например, функционально идентичные библиотеки по-разному называются на различных системах или требуют подключения каких-то других библиотек. Поэтому информация о средстах разработчика для каждой архитектуры выделена в отдельные страницы (см. Средства разработки)
Визуализация результатов
Пакетная обработка заданий не предполагает интерактивной выдачи результатов. Тем не менее, существует возможность просмотра результатов программы, запущенной в пакетном режиме, в процессе ее решения. Для этого можно использовать механизм перенаправления выдачи в файл. В PBS скрипте в строке запуска программы записывается конструкция:
./progname > out.dat
Здесь out.dat - имя файла, в который будет перенаправляться информация, выдаваемая на терминал. Тогда, после запуска программы в пакетном режиме можно набрать на терминале команду:
tail -f out.dat ,
которая будет выдавать на терминал информацию по мере ее записи в файл. Прервать просмотр без всякого ущерба для задачи можно, нажав клавиши Ctrl C (ни в коем случае Ctrl Z). Точно так же в любой момент можно возобновить просмотр.
Чаще всего под визуализацией результатов понимается их обработка в программе и выдача на экран в графическом виде. Пакетная обработка не препятствует такому режиму выполнения задания. Более того, графическая информация может быть выдана на экран любого компьютера (не обязательно того, с которого запущено задание). Однако, для этого должны быть соблюдены два условия:
- На компьютере, на экран которого будет выдаваться графическая информация, должен быть запущен Х-сервер в момент начала выполнения программы.
- Должен быть разрешен доступ к Х-серверу с того компьютера, на котором выполняется задание.
Для того, чтобы организовать такой режим работы, в программу должна быть передана переменная окружения DISPLAY, указывающая адрес экрана, куда должна выдаваться графическая информация. Делается это добавлением в PBS скрипт специальной строки, например:
#PBS -v DISPLAY=rsusu2.cc.rsu.ru:0.0
Здесь rsusu2.cc.rsu.ru - имя компьютера, на экран которого будет выдаваться графическая информация.
Некоторые пакеты и библиотеки графических подпрограм позволяют выдавать результаты в графические файлы (GIF,PS и т.д.). Разумеется, такой режим возможен только для статических картинок, одноко это избавляет от необходимости соблюдения условий 1 и 2. В целях унификации программного обеспечения графические пакеты по возможности устанавливаются на все вычислительные системы, однако в наиболее полном объеме они поддерживаются на компьютере SUN (rsusu2).