Диспетчерская система учебного кластера обслуживает единственную очередь заданий EDU, для которой установлены:
максимальный лимит времени 1 час
лимит времени по умолчанию 2 мин.
.
#!/bin/sh
###PBS script to run task
#PBS -l nodes=1:EDU
cd $HOME
cd prog/parallel/aztec
./progname
В данном случае будет сформирована однопроцессорная задача для решения на кластере IBMX из файла с именем progname и с заказом
времени по умолчанию 2 мин. Конструкции #PBS распознаются командой
qsub
и устанавливают лимиты для задачи. Командой cd указывается путь
к исполнимой программе. Тогда запуск программы progname должен быть
произведен командой:
qsub -q EDU edu1
Для запуска параллельной программы на 4-х узлах кластера EDU используется тот же самый формат команды, но содержимое скрипта должно быть другим (скрипт edu4)
#!/bin/sh
###PBS script to run parallel task
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l nodes=4:EDU
cd $HOME
cd prog/parallel/aztec
mpirun -np 4 ./progname
Здесь заказано время счета 1 час на 4-х узлах EDU-кластера. Запуск выполняется командой:
qsub -q EDU edu4
Специальный вид должен иметь скрипт для запуска параллельных
SMP-программ, использующих механизм многопоточности.
Для запуска программы на 2-х ядрах с двумя потоками:
#!/bin/sh
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l nodes=1:EDU
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=2
cd /export/home/victor/prog/bench
./mxmr2
При запуске программы через команду qsub
заданию присваивается уникальный целочисленный идентификатор, который представляет
собой номер запущенного задания. По этому номеру вы можете отслеживать
прохождение задания, снять задание со счета или из очереди и переместить
его в очереди относительно своих других заданий.
3) Результат работы программы без каких либо дополнительных
усилий с Вашей стороны будет записываться в файл и помещаться в тот каталог,
из которого было запущено задание. Имя выходного файла формируется автоматически
следующим образом:
<имя скрипта>.o<номер задания>, a в файл
<имя скрипта>.e<номер задания> - будет записываться стандартный
канал диагностики (ошибок).
Имя выходного файла можно изменить с помощью специальной опции команды
qsub.
Замечаниe:
В случае, если у системы возникают проблемы с поиском пути, куда
должны записаться выходные файлы, то они остаются в системном каталог
/usr/spool/PBS/undelivered/ на той машине, где решалась задача.
ВНИМАНИЕ! PBS скрипт может быть создан без использования текстовых
редакторов. Для этого написана специальная команда qpbs , которая
в диалоговом режиме предлагает ввести необходимые параметры PBS скрипта.
В результате работы команды будет создан и записан в текущий каталог PBS
скрипт с именем, которое указывается в процессе диалога. Запросы имеют
достаточно понятный смысл. При заказе времени указывается число часов,
если необходимо указать и минуты, то часы отделяются от минут двоеточием:
ввод цифр 1 - означает 1 час
ввод цифр 00:10 - означает 10 минут
Команда qpbs создает скрипт стандартного вида, который требует
корректировки в некоторых случаях, а именно, для для параллельных программ SMP типа.
О проблемах, связанных с работой диспетчерской системы, сообщайте:
по электронной почте: Виктор Николаевич Дацюк root@hpc.sfedu.ru
по телефону : 219-97-13